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iDeCoで年末調整・確定申告をしなかったら控除はどうなる? 間に合わなかった場合の対処法を解説

iDeCoで掛け金の所得控除を受けるには、年末調整や確定申告が必要なことを以下の記事でお伝えしました。

【iDeCo】年末調整・確定申告の書き方~いくら戻るのかシミュレーションしよう~

年末調整に必要な書類の会社への提出期限は一般的に当年の11月末~12月初旬ごろ、確定申告の期限は例年翌年の3月15日までですが、期限を過ぎてしまった後にiDeCoについて申告していないことに気づいたらどうしたらよいのでしょうか? 今回はiDeCoの申告が漏れてしまった場合の対処法について解説します。

iDeCoは年末調整・確定申告をしないとメリットが半減

iDeCoには、掛金拠出時・運用時・受取時に税制優遇があります。なかでも大きなメリットは、掛け金が全額所得控除の対象となり、所得税・住民税の負担を軽減できることです。

iDeCoの掛け金を個人で支払っている場合、所得控除を受けるには加入者の職業および所得状況によって年末調整もしくは確定申告を行わなければなりません。これらを行わなかった場合、控除は適用されず、税制優遇を十分に生かせないことになってしまいます。
年末調整あるいは確定申告の時期には、iDeCoの所得控除の手続きを忘れないようにすることが大切です。

会社員でiDeCoの確定申告が必要になるケースとは?

自営業の場合、iDeCoの所得控除を受けるには確定申告が必要です。一方、会社員や公務員などの給与所得者の場合は、年末調整で「小規模企業共済等掛金払込証明書」を提出することにより所得控除の手続きができます。

しかし、年末調整でiDeCoの控除手続きができなかった場合に所得控除を適用させるには、確定申告や還付申告が必要です。
(※還付申告は税金を払い過ぎている場合に還付を目的に行う申告。申告内容は確定申告と同じですが申告期限の扱いが異なります)
想定されるケースには、以下のような例が挙げられます。

転職・退職で年末調整が受けられなかった場合

転職や退職により年末時点でどの会社にも在籍していない場合には、そもそも年末調整を受けられません。iDeCoの控除分も含めて確定申告を行う必要があります。

年の途中で引越し、登録住所を変更していない場合

年末調整で提出が必要になる「小規模企業共済等掛金払込証明書」は例年10月下旬に国民年金基金連合会から自宅に郵送されます。しかし、その年に引越しをしiDeCoに住所変更の届出をしていなかった場合には、証明書が届かない可能性があります。

証明書は「加入者等氏名・住所変更届」の提出と併せて再発行が可能ですが、書面での手続きになり受け取りには2~3週間ほどかかります。年末調整の時期になり届いていないことに気づいて再発行を申請しても、提出時期に間に合わなければ自身で還付申告を行わなければなりません。

掛け金の払込が10~12月のみの場合

iDeCoに新規加入し10~12月から掛け金を払い始めた場合や、掛け金の支払いを10~12月のみに設定している場合、払込証明書の発送は11月末~1月ごろと遅くなります。会社の年末調整時期に間に合わなかった場合には、還付申告が必要です。
発送時期は、運営管理金融機関のウェブサイトに記載がありますので確認してみましょう。

なお、給与所得者でも年末調整が行えない控除の申告をする場合や確定申告が必要な事由がある場合には、iDeCoについてもその時に併せて申告すれば問題ありません。
たとえば、以下に該当する場合、確定申告や還付申告が必要です。

・給与所得や退職所得のほかに20万円を超える所得がある場合、2ヶ所以上から給与の支払いを受けている場合、給与収入が2,000万円を超える場合など……確定申告
・医療費控除やワンストップ特例対象外のふるさと納税、住宅ローン控除1年目など控除のみの申告が必要な場合……還付申告

iDeCoについて確定申告しなかった場合はどうなる?

では、確定申告の際にiDeCoの申告をしていなかった場合には、どうしたらいいのでしょうか。

確定申告せずともペナルティはない

確定申告時にiDeCoの申告ができなかった場合、所得控除が受けられないだけです。納税が発生する申告が漏れていた場合と異なり、ペナルティがあるわけではありません。iDeCoの控除のみでほかに確定申告の必要性がない場合も同様です。
しかし、iDeCoの所得控除を受けないことは大変もったいないことになります。

たとえば、課税所得500万円(所得税率20%)の会社員が上限の月2万3,000円の掛け金を支払っていた場合について見てみましょう。年間掛け金の27万6,000円が全額所得控除されるため、所得税と住民税合わせて8万2,800円が節税できます。

所得控除による所得税・住民税の軽減効果は、所得税率が高いほど、掛け金の額が多いほど大きくなります。せっかくiDeCoに加入したのですから、所得控除はぜひ活用しましょう。

さかのぼって還付を受けることが可能

確定申告でiDeCoの申告ができなかった場合でも諦める必要はありません。過去5年分についてはさかのぼって控除を申告でき、払い過ぎた税金を還付してもらえます。
申告が遅くなっても還付金が減額されることはありませんので、ぜひ申告を行いましょう。

過去分のiDeCoの所得控除を申告する方法

過去分にさかのぼってiDeCoの所得控除を受ける手順を、確定申告をしていなかった場合と、確定申告したもののiDeCoが漏れていた場合のケース別に解説します。

確定申告をしていなかった場合

iDeCo以外に確定申告の必要がなく未申告の場合には、還付申告を行います。

還付申告には申告期間は設定されておらず、対象年の翌年1月1日から5年間随時申告が可能です。オンラインで申告書を作成する場合には国税庁のウェブサイトの「確定申告書等作成コーナー」から新規に作成します。「申告書等を作成する」の項目にある「作成開始」から提出方法を選択し、「過去の年分の申告書等の作成」より該当年度を選択しましょう。

すでに確定申告書を提出していた場合

確定申告が必要な自営業者や、本来確定申告の必要のない人が住宅ローン控除や医療費控除のために還付申告した場合には、「更生の請求」を行います。

更生の請求とは、支払うべき税額よりも多くの額を申告していた場合に、正しい額に訂正するための手続きです。オンラインで申告書を作成する場合、「確定申告書等作成コーナー」から「提出した申告書に誤りがあった場合」の項目より「新規に更正の請求書・修正申告書を作成する」を選択すると、「更正の請求書・修正申告書作成コーナー」が開きます。

自営業者などの確定申告の義務がある場合の更生の請求の期限は、法定申告期限より5年以内です。なお、確定申告後に法定申告期限内にiDeCoの申告を忘れていることに気がついた場合には、更生の請求ではなく、訂正して再申告を行えば問題ありません。後から申告した内容で処理されます。

一方、会社員が医療費控除や住宅ローン控除を受けるために還付申告をした場合のように、本来確定申告義務のない人が還付申告を行っていた場合の更生の請求の期限は、申告を提出した日から5年以内です。還付申告には確定申告のような申告期間が設けられていないため、申告漏れを訂正したい場合には更生の請求となる点にも注意しましょう。

まとめ

iDeCoで支払った掛け金について所得控除を受けるには、年末調整や確定申告が必要です。
しかし、手続きが間に合わなかったり忘れていたりした場合でも、5年以内であれば申告して控除を受けられます。
当年の年末調整や翌年の確定申告の際に漏れなく申告することがベストですが、もし忘れてしまった場合には、後からでも申告を行いましょう。

iDeCoのメリットについては、以下の記事でも解説しています。併せて読んでみましょう。
iDeCo(イデコ)とは?メリット・デメリットやおすすめの運用方法
iDeCo(イデコ)の節税効果シミュレーション-拠出時・運用時・受取時-

【このコラムの著者】

LIFULL HOME'S 不動産投資編集部

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